Nach der Ausbildung zum Lehrer und Unterrichtspraxis auf verschiedenen Schulstufen studierte Matthias Vatter an der Universität Bern Geschichte, Politologie und Ökologie mit Abschluss Lizentiat und Zertifikat in Allgemeiner Ökologie. Es folgte eine Anstellung als Verantwortlicher Deutsche Schweiz im Weiterbildungsprogramm «Euroateliers» des Centre Européen de la Culture (CEC) in Genf und freie Tätigkeiten als Autor und Projektleiter für Lehrmittelverlage und Weiterbildungsinstitutionen in den Bereichen Politik und Geschichte sowie Mediendidaktik.
Von 2001 bis 2009 hat Matthias Vatter als einer der drei Gründungspartner bei LerNetz die Firma als Co-Geschäftsführer geleitet. Seit Anfang 2010 ist er auf eigenen Wunsch teilzeitlich verantwortlich als Bereichsleiter für den Geschäftsbereich «LerNetz Rot», welcher verschiedene Kommunikationsdienstleistungen im Bildungsbereich anbietet und Verwaltungsrat der LerNetz AG. Von Oktober 2009 bis Oktober 2011 unterstützte er neben seinem Engagement für LerNetz die Neupositionierung der Stiftung Pro Juventute als Leiter Public Affairs. Neben seiner Arbeit bei der LerNetz AG engagiert sich Matthias Vatter auch bildungspolitisch und ist u.a. Mitglied der Schulkommission der Fachschule Viventa in Zürich. Zudem amtet er als Mitglied im Vorgesetztenkollegium der Berner Zunftgesellschaft zum Affen.